传教士罗德里哥（Rodrigues）在迫害基督徒的高峰期潜入日本，他的另一个目的是寻访在迫害下弃教的神父费雷拉（Ferreira）――他曾经的精神导师。罗德里哥为潜伏中的日本教徒所欢迎，却也为他们带来灾难。目睹了教徒的殉难，罗德里哥一度斗志高涨，然而，这种几乎无可厚非的骄傲被一步步摧毁，罗德里哥不能容忍上帝对人间苦难的一再沉默，甚至意识到自己的坚持只是基于某种虚妄的骄傲而非真正的悲哀，而他人的受难更多地显示出人的无可奈何而非忠贞不屈。终于，在当年的导师、而今的弃教者费雷拉的搀扶下，罗德里哥把脚踩上了地上的耶稣像。他们不再是居高临下地为日本带来真理的传教士，而只是从此默默地生活在日本人中，渴望对他们“有用”的异乡人。然而，这并不是基督的失败，在他们的背叛中，上帝放弃了他自己，上帝终于打破了他的沉默。